Le Canal du Midi, alimenté par les eaux douces des lacs de la Montagne Noire, parcourt les terres avant de rejoindre le Bassin de Thau à Marseillan. Son prolongement dit « du Rhône à Sète » traverse les étangs saumâtres du littoral, avec lesquels il est en contact par de nombreux passages. Cette continuité longitudinale par rapport à la côte permet la circulation des espèces aquatiques (anguilles notamment).
D’autres canaux transversaux relient le Bassin de Thau et la Méditerranée. Ce sont à l’origine des graus, passages naturels en travers des lidos, ouverts ou fermés au gré des tempêtes, qui ont été depuis aménagés. Ces artères sont fondamentales pour la circulation des eaux et des espèces entre la mer et le Bassin de Thau.